应用植物分类学、生态学、细胞学、现代分子生物学、引种驯化学等理论、技术和方法，开展重要植物类群的系统演化及发育重建、生物多样性的遗传学基础、物种形成的机制和分布式样、珍稀濒危植物的逆境抵御机制及保护生物学、重要植物类群及功能基因的适应性进化等研究。并利用基因工程、遗传工程等技术手段，开展重要植物的种质及基因创新。
对华东地区重要的植物资源特别是药用植物和观赏植物进行系统收集，选择重点区域开展就地保护研究，选择重点物种开展迁地保育及研究，并建立管理系统完善的种质保存圃和保育数据库，修订完善系列志书等区域性资料
应用植物分类、生理、生化、生态等学科方法，开展生活史适应、保护的有效性及应用价值的评价，探讨华东地区重要植物类群物种形成的机制和分布式样，探讨珍稀濒危植物的逆境生理和抵御机制，为植物资源开发利用提供基础理论
结合野外繁殖及传粉系统的研究，开展重要植物类群的保护生物学研究，探讨物种形成的遗传、生殖、生态基础，明确致濒的繁殖障碍，提出野生种群扩张及发育重建的理论和方法
应用现代分子生物学的技术和方法，从物种多样性、遗传多样性、生态环境多样性的角度，探讨重要植物类群遗传变异、居群结构和分子水平的适应性演化等生物多样性的形成机制
